医疗废水消毒处理须要坚持正确的原则，只有这样才能够提高废水处理的效率和水平。
(1) 全过程控制原则
所谓全过程控制原则，指的是在对医疗废水进行处理的过程中，实验室污水处理设备要从医疗废水的产生、排放、消毒、处理等环节入手，做到对各个环节的有效控制，确保废水能够被zui大限度的处理好。
(2) 减量化原则
所谓减量化原则，就是要对医院内部卫生an全管理体系要严格遵守，在医疗污水和污物的发生源进行quan方位、一体化的分离和控制，要对病区污水和生活区污水进行差异化的收集，做到清污分流，减少需要处理污水的总量，这样一方面能够节约资源，另一方面也能够提高处理的效率，防止无用功。
(3) 就地处理原则
对于医院医疗废水而言，须要坚持就地处理的原则，医院应该定点设置医疗废物和废水的位置，杜绝把污物和污水随意排入地下管道，这样就能够更好的防止有毒、有害的污水的再污染。
(4) 分级处理原则
对于医院的废水处理，一般都是要有两级处理方案，经过yi级处理和二级处理。如果污水经过处理之后进入市政下水道，就只进行了yi级处理，如果进入了河道，就需要在yi级处理的基础上进行二级处理。
