实验室设计时应至少将微生物实验室划分成3个区域：
01清洁区
包括办公室、休息室、培养基配制室与试剂储藏室。此区域禁止带人细菌检验标本。
02操作区
(1)污染物处理：操作区须备有消毒缸，以处理沾有活菌的玻片等污染物品。
(2)水源：操作区内须设置水源。
(3)温度和湿度：配置空调进行控制
4)电源：要求提供稳压、恒频的电源;配备不间断电源。
(5)通风：由于各种病原菌集中，空气污浊，实验要求在保持排风的生物an全柜中进行。
(6)光线：细菌培养的细小菌落及血清试验凝集颗粒的观察， 都需要有充足的光线。操作区除设置常规照明灯外，还须安装操作台灯，以保证实验结果的正确判断。
(7)整洁：微生物操作区是各种病原菌相对集中的地方，为了减少粉尘流动，防止交叉污染，操作区应与外界分开。
03无菌区
(1)无菌室内应有空气过滤净化装置，并安装空调
(2)无菌室仅用于培养基分装等无菌操作，不能进行有菌标本的操作。操作人员操作时应严格关门，并戴好专用的口罩、帽子。
(3)无菌室须保持整洁。无菌室使用前须用紫外线消毒，操作结束后清洁台面，再用紫外线消毒。定期用乳酸或甲醛熏蒸，che底消毒。
(4)无菌室应完全封闭，进出无菌室至少要经两道门，中间隔有缓冲间，无菌室与外间设置一个可开闭的窗口，用于传递器具。
